Die unteren Atemwege besitzen ihre eigene mikrobielle Flora, die bei Asthmatikern Studien zufolge häufig mehr potenziell pathogene Proteobakterien und weniger Bacteroidetes enthält. Die Prävalenz verschiedener Bakterienarten scheint zudem mit dem Ausmaß der bronchialen Hyperreaktivität und mit der Asthma-Kontrolle zusammenzuhängen.
Die Epithelzellen der Lunge sezernieren antimikrobielle Peptide und formen Typ-2-mukosale Immunantworten (Th2-vermittelte Entzündung). Der Mukus der Atemwege trägt zur Immunabwehr durch ziliäre Clearance und Mucinproteine bei. Die Schlüsselstimuli der bei Asthma aberranten Immunantwort sind bisher unbekannt. Einige Studien sprechen dafür, dass das respiratorische Mikrobiom die lungenspezifischen Immunantworten modulieren kann, und vice versa. Wahrscheinlich sind dabei kollektive Effekte einer polymikrobiellen Gemeinschaft bei der Asthma-Entwicklung involviert. OH